El objetivo de este estudio fue determinar la diferenciación del biodiesel preparado a partir de aceites de soja regulares y envejecidos, a través de cromatografía de gases bidimensional integral, combinada con análisis de componentes principales (PCA), así como identificar los compuestos presentes en ambas materias primas. Para evaluar las muestras en el sistema 2D, se establecieron tres fases estacionarias secundarias: SBL-IL61, Supelcowax y HP-50. Los resultados mostraron que sólo el revestimiento secundario polar, SBL-IL61, fue capaz de percibir una diferencia crucial entre las muestras. La mayor diferencia se observó en la identificación en mayor concentración de ésteres metílicos de ácidos grasos poliinsaturados (FAME) en biodiesel de soja envejecido, tales como C20: 4n-6, C20: 5n-3, C20: 3 y C21: 5. Estos compuestos son muy propensos a la oxidación, lo que conduciría a la devaluación del biodiesel como producto final, por lo cual pueden ser utilizados como marcadores para la degradación del biodiesel. En consecuencia, esta técnica analítica es altamente recomendable por proporcionar una mayor detección de estos compuestos dependientes de la calidad del biodiesel.